De acuerdo con informes de la Procuraduría General de la República (PGR), el Juez Tercero de Distrito de Procesos Penales Federales, en Toluca, determinó que este personaje debe ser recluido por su responsabilidad directa en los hechos del 26 y 27 de septiembre del 2014.
Flores fue capturado el pasado viernes 21 de octubre en la ciudad de Iguala, en un operativo conjunto entre la PGR, SEDENA, Policía Federal y el Cisen.
El ex titular de la policía fue señalado por el ex presidente municipal de esa ciudad, José Luis Abarca y de Sidronio Casarrubias, líder de Guerreros Unidos, como el artífice de enviar a sus elementos para detener y entregar a los estudiantes a miembros del crimen organizado.