El instrumento de evaluación conformado por 80 reactivos y diseñado por la Dirección General de Evaluación de Políticas de la Secretaría de Educación Pública (SEP), según un comunicado, se realizó con el apoyo de 280 aplicadores externos bajo la supervisión.
El criterio de calificación fue establecido previamente en la convocatoria respectiva, donde se ponderan los resultados en matemáticas y español. En caso de empate, se considerarán los resultados de historia, ciencias naturales, geografía y formación cívica y ética, en ese orden. De persistir empate, los convocantes resolverán lo conducente.
Los mil ganadores de este concurso recibirán una beca que otorga la SEP y la Fundación Bancomer por mil pesos mensuales durante 10 meses en los tres años de la educación secundaria. Además, se les invitará a participar con sus maestros y un padre de familia o tutor, a la Convivencia Cultural, que se realizará en julio de 2016, en la cual serán recibidos y reconocidos por presidente de la República, Enrique Peña Nieto.
Además, se evaluó a 782 estudiantes de tercero de secundaria ex ganadores de dicha Olimpiada, para seleccionar a los 50 mejores que continuarán recibiendo en el bachillerato la beca otorgada por la dicha fundación.